En una primera etapa el ADN que se encuentra enmarañado formando los cromosomas sería desenmarañado, mediante calentamiento y/o con la ayuda de técnicas químicas, pudiendo incluso llegar a desnaturalizar la doble hélice. Este proceso tendría que dejar accesible el inicio o final de la cadena de ADN, o de una de sus hebras. Y a su vez permitir, una vez que el inicio es anclado a un mecanismo tractor, que el resto del ADN pueda extenderse limpiamente como un hilo de una madeja.
En una segunda etapa uno de los dos extremos del ADN es anclado o guiado, para que atraviese una estructura manométrica tubular.. Tirando del ancla, o guiándolo con otro técnica, el ADN al completo atravesará la estructura tubular nanométrica sin romperse, a la velocidad que permita una lectura clara de las bases que lo componen.
El mecanismo que se encarga de realizar la lectura del ADN es un microscopio electrónico específicamente diseñado para tal fin, el cual opera en la parte central del nanotúbulo. Una corriente de electrones con frecuencia e intensidad adecuada incide finamente enfocada sobre una sección de pocas bases, el haz interactúa con la muestra obteniéndose mediante sensores los parámetros de los electrones que abandonan la muestra.
Dependiendo de las bases sobre las que ha incidido e haz de electrones, los patrones medidos serán diferentes y estos podrán compararse con los patrones de calibración para obtenerse la secuencia de los nucleótidos que circulan por el nanotúbulo.
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